Theo truyền thống, họ này chia ra thành các phân họ như sau:

• Amblyopinae
• Gobiinae (đôi khi tách riêng Benthophilinae)
• Gobionellinae
• Oxudercinae
• Sicydiinae

Tuy nhiên, định nghĩa truyền thống của họ Gobiidae làm cho nó trở thành một nhóm không đơn ngành. Một số các kết quả nghiên cứu phát sinh chủng loài cho thấy phân họ Gobiinae (bao gồm cả Benthophilinae) - phần lõi của họ Gobiidae - nên được hợp nhất với các họ Microdesmidae, Ptereleotridae, Kraemeriidae, Schindleriidae để tạo ra họ Gobiidae nghĩa mới[3], đồng thời các phân họ còn lại (Gobionellinae, Amblyopinae, Oxudercinae và Sicydiinae) nên được sắp xếp lại thành họ Gobionellidae[4][5][6]. Tuy nhiên, việc duy trì phân họ Gobionellinae trong phạm vi họ Gobionellidae không được đảm bảo, do nó không là một nhóm đơn ngành trong mối tương quan với 3 phân họ còn lại. Cụ thể, phân họ Sicydiinae lồng sâu trong nhánh Stenogobius của Gobionellinae.

Theo định nghĩa mới thì họ Gobiidae vẫn là một họ lớn, với khoảng 130 chi và trên 1.120-1.200 loài.